Można, ale każda strefa powinna mieć własne sterowanie albo przynajmniej osobno zaprojektowaną logikę pracy. Jeden termostat nie potrafi niezależnie utrzymywać dwóch różnych temperatur w dwóch częściach podłogi, jeśli obie części są podłączone do jednego wyjścia. Będzie załączał i wyłączał całość według jednego czujnika i jednej temperatury zadanej. Dlatego różne temperatury wymagają rozdzielenia obwodów.
Przykładowo w łazience użytkownik może chcieć cieplejszej strefy przy prysznicu i chłodniejszej przy szafkach. Jeżeli obie maty są podłączone razem, termostat traktuje je jako jedną podłogę. Różnice temperatur mogą powstawać przypadkowo z powodu układu kabli, grubości kleju albo zabudowy, ale nie będzie to precyzyjne sterowanie. Jeśli mają być kontrolowane niezależnie, potrzebne są osobne obwody i osobne czujniki.
W salonie z folią grzejną można podzielić podłogę na strefę wypoczynkową i komunikacyjną. To ma sens, gdy pomieszczenie jest duże, a użytkowanie różnych części różni się w czasie. Każda strefa powinna mieć swój czujnik i regulator lub system sterowania wielostrefowego. Trzeba też policzyć moc każdej strefy i dobrać zabezpieczenia.
Najczęstszy błąd polega na oczekiwaniu, że jeden czujnik umieszczony w jednym miejscu będzie sterował komfortem całego dużego pomieszczenia. W praktyce ogrzewanie podłogowe działa najlepiej, gdy strefy odpowiadają realnemu użytkowaniu pomieszczeń. Rozdzielenie na strefy zwiększa koszt instalacji, ale daje większą kontrolę i często lepszą efektywność. Różne temperatury są możliwe, ale muszą być zaplanowane przed montażem.