To zależy głównie od rodzaju podłogi, bezwładności cieplnej i sposobu użytkowania pomieszczenia. Wiele osób zakłada, że elektryczne ogrzewanie podłogowe działa jak klasyczny grzejnik i można je szybko włączać tylko wtedy, gdy jest potrzebne. Przy cienkiej folii pod panelami częściowo tak jest, ale przy macie albo kablu zatopionym w kleju czy wylewce sytuacja wygląda inaczej. Podłoga nagrzewa się wolniej, ale też długo oddaje ciepło. Jeżeli użytkownik codziennie rano gwałtownie podnosi temperaturę, a wieczorem całkowicie wyłącza ogrzewanie, system może pracować mniej komfortowo niż przy stabilnym harmonogramie z niewielkimi obniżeniami temperatury.
Najczęstszy problem pojawia się wtedy, gdy ktoś próbuje oszczędzać przez całkowite wyłączanie ogrzewania na kilka godzin. Po ponownym uruchomieniu podłoga potrzebuje dużo czasu na odzyskanie temperatury, a termostat przez długi okres pracuje z pełną mocą. W praktyce użytkownik odczuwa chłód rano albo po powrocie do domu i zaczyna ustawiać coraz wyższe temperatury. Efektem jest przegrzewanie podłogi zamiast stabilnego komfortu. Przy płytkach ceramicznych i grubej posadzce lepiej sprawdzają się małe korekty temperatury niż agresywne cykle włącz/wyłącz. Inaczej wygląda to przy folii pod panelami, gdzie reakcja jest szybsza i harmonogram może być bardziej dynamiczny.
Dobrze ustawiony harmonogram powinien uwzględniać rzeczywistą bezwładność podłogi. Jeżeli system potrzebuje dwóch godzin na osiągnięcie komfortu, termostat nie powinien startować dopiero w chwili, gdy użytkownik wstaje z łóżka. Właśnie dlatego nowoczesne regulatory stosują funkcje adaptacyjne. Analizują czas nagrzewania i wcześniej rozpoczynają pracę, aby o zadanej godzinie osiągnąć odpowiednią temperaturę. Problem polega na tym, że wiele osób wyłącza te funkcje, bo nie rozumie ich działania albo interpretuje wcześniejsze załączenie jako błąd.
Praktycznie najlepiej sprawdza się stabilna temperatura bazowa z umiarkowanym obniżeniem nocnym albo czasowym. W łazienkach często utrzymuje się niemal stałą temperaturę podłogi, bo komfort ciepłych płytek jest ważniejszy niż szybkie reakcje systemu. W salonach i sypialniach można stosować większe różnice temperatur, ale nadal bez skrajnych zmian. Przy folii pod panelami trzeba dodatkowo pilnować limitu temperatury podłogi, ponieważ zbyt agresywne dogrzewanie może powodować nadmierne nagrzewanie okładziny. Harmonogram ma poprawiać komfort i kontrolować zużycie energii, a nie zmuszać system do ciągłej pracy od zera do maksimum.